W niniejszej pracy wykorzystano model optymalizacyjny systemu wywozu i unieszkodliwiania odpadów komunalnych jak również program komputerowy MRGO+ (Model Regionalnej Gospodarki Odpadami) będący jego implementacją. Został on przez autorkę zweryfikowany i zaadaptowany na potrzeby proponowanego modelu optymalizacji systemu wywozu i unieszkodliwiania odpadów medycznych na przykładzie województwa podlaskiego. W artykule opisano badania optymalizacyjne, których celem była analiza wpływu ograniczenia przepustowości spalarni odpadów medycznych na wartość wskaźnika efektywności kosztowej (E). Badania przeprowadzono na przykładzie analizy systemu gospodarowania odpadami medycznymi w północno-wschodniej Polsce w województwie podlaskim. Wprowadzenie ograniczenia przepustowości 3 obiektów pośrednich oraz brak ograniczenia przepustowości w spalarni w Hajnówce, spowodowało znaczny spadek kosztów funkcjonowania systemu o ok. 17%, a w konsekwencji również znaczny spadek współczynnika efektywności kosztowej E.