Instalacje i urządzenia wentylacji (klimatyzacji) mechanicznej w przemyśle spożywczym, mogą przenosić różne bakterie chorobotwórcze np. powodujące zapalenie płuc (choroba legionistów). Na odczucie parametrów mikroklimatu w pomieszczeniach produkcyjnych przez ludzi mają wpływ czynniki zależne od człowieka (stan zdrowia, indywidualne odczucie temperatury itp.) oraz czynniki niezależne od człowieka (parametry fizyczne powietrza, świeżość i czystość powietrza itp.). Skażenia mikrobiologiczne urządzeń technologicznych oraz urządzeń i instalacji, m.in. wentylacyjno-klimatyzacyjnych, wpływają na rozwój bakterii chorobotwórczych. Ilość powietrza dostarczana lub usuwania z pomieszczenia zależy od jego użytkowania i obciążenia zapachami oraz materiałami szkodliwymi. W następstwie powstawania punktu rosy w instalacjach wentylacyjnych mogą wystąpić tzw. zarodki kondesacji, zawarte w powietrzu, na których osadza się para wodna przy przesyceniu powietrza. Istotny wpływ na warunki komfortu w pomieszczeniach ma prędkość przepływu powietrza w strefie przebywania ludzi. W pomieszczeniach produkcyjnych tam, gdzie dbałość o najwyższą jakość powietrza stanowi kwestię priorytetową, stosuje się dezynfekcje promieniową jonizacją katalityczną. W pomieszczeniach produkcyjnych przemysłu spożywczego o podwyższonym standardzie mikrobiologicznym nie należy stosować układów wentylacyjnych z recyrkulacją powietrza.