Zawartości związków azotu i fosforu decydują często o ostatecznym wyniku klasyfikacji stanu fizykochemicznego wód w zlewniach rzek nizinnych położonych w krajobrazie rolniczym. W pracy dokonano oceny zmian zawartości substancji biogennych w wodach rzeki Ner w latach 2000–2006. W pierwszym etapie pracy wyznaczono stężenia charakterystyczne związków azotu i fosforu, a następnie określono czasową i sezonową zmienność ich zawartości. Analizę dynamiki zawartości związków biogennych w wodach przeprowadzono w odniesieniu do warunków hydrometeorologicznych, prowadzonej gospodarki wodno-ściekowej oraz użytkowania terenu. Uzyskane wyniki wykazują, że zawartość fosforanów w wodach rzeki Ner cechowała się wyraźną sezonowością. Najwyższe stężenia występowały latem i jesienią, a najniższe w miesiącach wiosennych. Stwierdzono, że w latach 2000–2006 istniała istotna zależność pomiędzy fosforanami a temperaturą wody oraz warunkami hydrologicznymi. Przeprowadzone analizy wykazały, że stężenia azotu azotanowego charakteryzowały się dodatnim trendem, natomiast fosforanów i fosforu ogólnego trendem ujemnym.