Najbardziej czułą metodą wykrywania skażenia wody wodociągowej jest badanie mikrobiologiczne. Bezpieczeństwo wód pod względem mikrobiologicznym jest oceniane głównie na podstawie wyników tradycyjnych badań hodowlanych, umożliwiających wzrost kolonii bakterii na podłożach odżywczych. W ostatnich latach zastosowanie w mikrobiologii znalazła nowoczesna technika cytometrii przepływowej. Diagnostyczna metoda oparta na cytometrii przepływu jest znacznie szybsza, a także bardziej wszechstronna. Badania jakości mikrobiologicznej wody wodociagowej prowadzono w rejonach powiatu rzeszowskiego, tj. w rejonie systemu wodociągowego zasilanego z ujęcia wód powierzchniowych oraz w rejonie małych systemów wodociągowych zasilanych z ujęć wód podziemnych. Zakres analizy mikrobiologicznej jakości wody wodociągowej opierał się na oznaczeniu wybranych wskaźników stanu sanitarnego wody tj; ogólnej liczby bakterii psychrofilnych i mezofilnych na agarze odżywczym (referencyjnym) zwanym Agarem A oraz dodatkowo na agarze wzbogaconym zwanym Agarem R, liczby bakterii grupy coli oraz paciorkowców kałowych. Oznaczenie ogólnej liczby mikroorganizmów metodą cytometrii przepływowej wykonywano z zastosowaniem dwóch barwników Sybr Green oraz jodku propidyny. Woda z ujęć wód podziemnych, nie będących pod stała kontrolą mikrobiologiczną posiadała gorsze parametry mikrobiologiczne. Stosowane nowe metody oznaczeń mikrobiologicznych wykazywały większe ilości zanieczyszczeń mikrobiologicznych.